تكون لجان رئيسية دائمة في جائزة المدينة المنورة وهي : 1 ـ لجنة البحث العلمي. 2 ـ لجنة الخدمات العامة. 3- لجنة النبوغ والتفوق الدراسي وخدمة التعليم.
ومهامها:
1- استقبال الترشيحات وتقويمها . 2- تقديم الترشيحات النهائية لمجلس أمناء المؤسسة . 3- اقتراح أنواع الجوائز للفائزين .